3D-QSAR法Rho激酶三维定量任务书

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    一、课题的任务内容:本论文将采用3D-QSAR法,在SYBYL-X 2.0的水平下,以部分分子结构和生物活性(pIC50值)已知的Rho激酶抑制剂分子为训练集, 选用此系列分子的理化描述子, 包括分子的形状, 静电作用能和范德华作用能以及疏水描述子, 用三文定量构效关系(3D-QSAR) 方法建立反映分子结构与生物活性之间的定量构效关系模型。并基于此模型来设计新的Rho激酶抑制剂分子和进行结构修饰。6701
    二、原始条件及数据:
    原始资料来自于文献和指导教师提供的资料
    三、设计的技术要求(论文的研究要求):
     
    建立具有显著统计学意义,预测能力良好的3D-QSAR模型
    四、毕业设计(论文)应完成的具体工作:
     
    1.分子结构的搭建
    2.分子叠合
    3.COMFA、COMSIA 回归分析(3D-QSAR模型的建立)
    4. COMFA、COMSIA模型结果分析
    5.新型活性分子设计及活性预测
     
    软硬件名称、内容及主要的技术指标(可按以下类型选择):
    计算机软件    
    SYBYL-X 2.0  
    结 构 模 型
    五、查阅文献要求及主要的参考文献
               
     要求:查阅中文文献10篇,外文文献5篇以上

    主要参考文献:
    1. Ramasamy Thilagavathi, Raj Kumar, Vema Aparna, M. Elizabeth Sobhia,
    Bulusu Gopalakrishnan and Asit K. Chakraborti. “Three-dimensional quantitative structure (3-D QSAR) activity relationship studies on imidazolyl and N-pyrrolyl heptenoates as 3-hydroxy-3-methylglutaryl-CoA reductase (HMGR) inhibitors by comparative molecular similarity indices analysis (CoMSIA)” Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters, 2005, 15:1027–1032
    2. Assia Kovatcheva, Gerhard Buchbauer et al. QSAR Modeling of r-Campholenic Derivatives with Sandalwood Odor J. Chem. Inf. Comput. Sci. 2003, 43, 259-266
     
    辣、进度安排:(设计或论文各阶段的要求,时间安排):
    求计算机应用能力和英语阅读能力较强 工作计划:要求完成下列内容: 1.分子结构的搭建; 2.分子结构的优化; 3.分子的叠合;4.3D-QSAR模型的建立;5.模型的有效性检验、新型活性分子设计及结构修饰。 工作计划: 第1周 — 第3周 查阅文献和收集资料。 第4周 — 第13周 分子结构的搭建、优化、模型的建立与验证 第14周 — 第15周 新型活性分子设计及结构修饰 第16周 — 第18周 撰写论文,准备答辩。
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